في مطلع العام 1950 تم استقلال السودان من الاحتلال البريطاني و اصبحت للسودان حكومة وطنية و بعد فترة قليلة احدث بعض الضباط انقلاب عسكري اول على الحكومة بدعم من الاسلاميين في الوقت الذي تشكل حزب الاخوان المسلمين في مصر و بعض الدول و بدأ الاخوان بالتدخل في الاوساط السياسية و المطالبو بمناصب و في العام 1980 حدث انقلاب اخر من قبل ضباط منشقين و معارضين للحكومة و ينتمون الى الحركات الاسلامية و الاخوان انذاك بقيادة حسن الترابي و امتد الصراع الى سنوات بين الشيوعيين و الاسلاميين على رأسهم الاخوان المسلمين .